В морском порту г. Магадана имеется 9 причалов, на которых функционирует 14 портальных кранов грузоподъемностью до 40 тонн. Грузооборот порта каждый год показывает положительную динамику: в среднем 4-6%, а с конца 2012 года эти показатели стали увеличиваться, за счет развития новых грузовых направлений. Как результат, в 2013 году грузооборот Магаданского торгового порта составил 1,5 млн тонн, что явилось значительным ростом этого показателя за 3 предыдущих года.
Порт функционирует на всю мощь: имеются таможенный и пограничный посты, таможенный склад, в порт заходят иностранные суда. Основными направлениями внешнеэкономических потоков являются порты США и Южной Кореи.
Недавно премьер-министр Дмитрий Медведев нанес визит в Магадан, посетив морской торговый порт. Во время встречи выяснилось, что порту сейчас очень необходима реконструкция двух причалов и прилегающих к ним операционных площадок, для того, чтобы можно было увеличить пропускную способность по обработке крупнотоннажных контейнеров; также власти ожидают, что новые гидротехнические сооружения позволят грузообороту Магданского торгового порта вырасти еще в два раза.
Несмотря на то, что Магаданский порт является частной организацией, причалы, подлежащие реконструкции, являются собственностью государства. Поэтому премьер-министр дал распоряжения профильным министерствам внести предложения по реконструкции порта в правительстве. На реконструкцию будет затрачено около 1,5 млрд рублей.