По инициативе Евразийской экономической комиссии (ЕЭК) порядок налогообложения в ЕАЭС может претерпеть ряд существенных изменений. В настоящий момент комиссия ведёт работу над поправками к Договору о ЕАЭС, которые определят порядок уплаты косвенных налогов, объективность существования нулевого НДС и нулевой ставки на уплату акцизов, алгоритм налогообложения товаров из стран союза и из третьих стран, входящих в зоны свободной торговли.
Одно из принципиальных изменений, которое может быть внесено в Договор о ЕАЭС — это создание возможности «отсрочки уплаты НДС на товары» сроком до полугода (180-ти дней). Действующая версия договора такой возможности не предполагает. Кроме того, может измениться порядок взимания НДС на товары, по которым действует нулевая ставка НДС внутри страны. Они будут облагаться налогом единовременно - в момент их ввоза.